A história principal de "NieR: Automata" é dividida em três processos. Embora haja muita sobreposição entre as duas primeiras passagens, a terceira deixa claro que ainda há muita história para explorar, mesmo após a primeira jogada.
Embora existam três processos principais que você precisa completar, também há muitos finais para experimentar, alguns mais completos que outros, e alguns exigindo que você desempenhe papéis específicos e execute ações específicas. Listados abaixo estão todos os três personagens jogáveis e como alternar entre eles.
A história de NieR: Automata gira em torno de 2B, 9S e A2. 2B e 9S são parceiros e dependendo de quanto tempo você gasta em cada processo, os dois provavelmente terão mais tempo de jogo. Cada personagem tem seu estilo de luta único e, mesmo que você equipe o mesmo chip plug-in em todas as três passagens, há sutilezas que tornam o jogo com cada personagem uma experiência nova. 2B, 9S e A2 são personagens jogáveis ao longo do jogo, mas trocar de personagens jogáveis pode não ser tão simples.
Na primeira rodada do jogo, você não pode trocar de personagem em nenhum momento. As funções controladas em cada processo são as seguintes:
Depois de selecionar um dos finais principais do jogo, você desbloqueará o modo de seleção de capítulo, onde agora poderá escolher qual personagem controlar. Usando o modo de seleção de capítulo, você pode escolher qualquer um dos 17 capítulos do jogo para voltar. Em muitos capítulos, você verá os números no lado direito da tela mudarem com base nas missões secundárias concluídas ou incompletas. Se um personagem exibir algum número no capítulo, você poderá optar por reproduzir o capítulo como esse personagem.
Alguns dos capítulos posteriores, principalmente o Passo 3, permitirão que você jogue apenas determinados capítulos com determinados personagens, isso não mudará. A seleção de capítulos permite que você altere os personagens a qualquer momento, mas você também precisa alterar a progressão da história para onde quer que o personagem seja controlável na história principal. Contanto que você salve o jogo antes de entrar em outro capítulo, todas as ações concluídas no modo de seleção de capítulo serão mantidas, permitindo aumentar o nível compartilhado de todos os três personagens à medida que você avança em direção ao nível máximo.