La storia principale di "NieR: Automata" è divisa in tre processi. Sebbene ci siano molte sovrapposizioni tra i primi due passaggi, il terzo chiarisce che c'è ancora molta storia da esplorare anche dopo una prima partita.
Sebbene ci siano tre processi principali che devi completare, ci sono anche molti finali da sperimentare, alcuni più completi di altri e alcuni che richiedono di interpretare ruoli specifici ed eseguire azioni specifiche. Di seguito sono elencati tutti e tre i personaggi giocabili e come passare da uno all'altro.
La storia di NieR: Automata ruota attorno a 2B, 9S e A2. 2B e 9S sono partner e, a seconda di quanto tempo dedichi a ciascun processo, probabilmente loro due otterranno la maggior parte del tempo di gioco. Ogni personaggio ha il proprio stile di combattimento unico e, anche se equipaggi lo stesso chip plug-in in tutti e tre i passaggi, ci sono sottigliezze che rendono l'interpretazione di ogni personaggio una nuova esperienza. 2B, 9S e A2 sono personaggi giocabili in tutto il gioco, ma cambiare personaggio giocabile potrebbe non essere così semplice.
Nel primo round del gioco, non puoi cambiare personaggio in nessun momento. I ruoli controllati in ciascun processo sono i seguenti:
Dopo aver selezionato uno dei finali principali del gioco, sbloccherai la modalità di selezione del capitolo, dove ora potrai scegliere quale personaggio controllare. Usando la modalità di selezione capitolo, puoi scegliere uno qualsiasi dei 17 capitoli del gioco a cui tornare. In molti capitoli vedrai i numeri sul lato destro dello schermo cambiare in base alle missioni secondarie completate o incomplete. Se un personaggio mostra dei numeri nel capitolo, puoi scegliere di riprodurre il capitolo nei panni di quel personaggio.
Alcuni dei capitoli successivi, soprattutto il Passaggio 3, ti permetteranno di giocare solo a determinati capitoli nei panni di determinati personaggi, questo non cambierà. La selezione del capitolo ti consente di cambiare personaggio in qualsiasi momento, ma devi anche modificare la progressione della storia in qualsiasi punto della storia principale sia controllabile quel personaggio. Finché salvi il gioco prima di accedere a un altro capitolo, tutte le azioni completate nella modalità di selezione del capitolo verranno conservate, consentendoti di aumentare il livello condiviso di tutti e tre i personaggi mentre lavori verso il livello massimo.