Kisah utama "NieR: Automata" dibahagikan kepada tiga proses. Walaupun terdapat banyak pertindihan antara dua hantaran pertama, hantaran ketiga menjelaskan bahawa masih terdapat banyak cerita untuk diterokai walaupun selepas permainan pertama.
Walaupun terdapat tiga proses utama yang perlu anda selesaikan, terdapat juga banyak pengakhiran untuk dialami, ada yang lebih lengkap daripada yang lain dan ada yang memerlukan anda memainkan peranan tertentu dan melakukan tindakan tertentu. Disenaraikan di bawah adalah ketiga-tiga watak yang boleh dimainkan dan cara bertukar antara mereka.
Kisah NieR: Automata berkisar pada 2B, 9S dan A2. 2B dan 9S adalah rakan kongsi, dan bergantung pada jumlah masa yang anda luangkan dalam setiap proses, kedua-dua mereka mungkin akan mendapat masa permainan yang paling banyak. Setiap watak mempunyai gaya pertarungan yang unik, dan walaupun anda melengkapkan cip pemalam yang sama dalam ketiga-tiga pas, terdapat kehalusan yang menjadikan memainkan setiap watak sebagai pengalaman baharu. 2B, 9S dan A2 ialah watak yang boleh dimainkan sepanjang permainan, tetapi menukar watak yang boleh dimainkan mungkin tidak semudah itu.
Dalam pusingan pertama permainan, anda tidak boleh menukar aksara pada bila-bila masa. Peranan yang dikawal dalam setiap proses adalah seperti berikut:
Selepas memilih salah satu penghujung utama permainan, anda akan membuka kunci Mod Pilih Bab, di mana anda kini boleh memilih watak yang hendak dikawal. Menggunakan Mod Pilih Bab, anda boleh memilih mana-mana daripada 17 bab permainan untuk disambung semula. Dalam banyak bab, anda akan melihat nombor di sebelah kanan skrin berubah berdasarkan pencarian sampingan yang selesai atau tidak lengkap. Jika aksara memaparkan sebarang nombor dalam bab, anda boleh memilih untuk memainkan semula bab sebagai watak tersebut.
Sesetengah bab kemudian, kebanyakannya Langkah 3, hanya akan membenarkan anda memainkan bab tertentu sebagai watak tertentu, ini tidak akan berubah. Pemilihan bab membolehkan anda menukar watak pada bila-bila masa, tetapi anda juga perlu menukar perkembangan cerita ke mana sahaja watak itu boleh dikawal dalam cerita utama. Selagi anda menyimpan permainan anda sebelum memasuki bab lain, sebarang tindakan yang diselesaikan dalam mod pilih bab akan dikekalkan, membolehkan anda meningkatkan tahap perkongsian ketiga-tiga aksara sambil anda berusaha ke arah tahap maksimum.